فرنی و زویی دو فرزند کوچک خانواده ی بزرگ گلس هستند. به غیر از آنها خانواده گلس پنج فرزند دیگر نیز دارند. رمان فرنی و زویی شامل دو داستان درباره این دو فرزند است.

داستان اول درباره فرنی است که کوچکترین دختر خانواده است. این داستان شرح ملاقات فرنی با پسری به نام لین کاتل است. فرنی که علاقه زیادی به ادبیات و عرفان شرقی دارد دست به گریبان یک بحران روحی عرفانی است. وی مشغول خواندن یک کتاب عرفانی می شود و آشفتگی های روحی و فکری به سراغش می آید و عوالمی برای وی آشکار می گردد.

داستان دوم نیز روایت زویی کوچکترین پسر خانواده است. زویی برادر بزرگ فرنی است و بازیگری می خواند. وی به همراه خانواده اش تلاش می کند فرنی را از بحران روحی نجات دهد. برادر بزرگ این خانواده به نوعی قدیس خانواده آنها است که سال ها قبل خودکشی کرده است. بادی یکی دیگر از اعضای خانواده سال ها است در انزوا به سر می برد.

داستان از آنجایی آغاز می شود که فرنی برای تعطیلات آخر هفته و مشاهده یک مسابقه فوتبال با قطار پیش دوستش لین کاتل رفته است. آنها برای ناهار به یک رستوران می روند و آنجا فرنی حالش دگرگون می شود. فرنی به شدت درگیر مطالعه کتابی است به نام سلوک زائر که درباره دعاکردن دائمی برای حضرت مسیح است. او که بیست سال بیشتر ندارد اسیر و مجذوب کتاب شده و احساس همذات پنداری با سالک پیری که شخصیت اصلی کتاب ، می کند. فرنی کم کم تارک دنیا می شود و شروع به ذکر کردن می کند. او بسیار تحلیل می رود و رنجور و گوشه گیر می شود. بخش فرنی درجایی تمام می شود که وی در رستوارن از هوش می رود و او را به خانه منتقل می کنند.

بخش دوم داستان زویی نام دارد که حجم بزرگی را در بر می گیرد. در این بخش فرنی به خانه برگشته و می بینیم که کتاب سلوک زائر را از اتاق برادر بزگش برداشته و ورق می زند و سیمور برادر بزرگ ترش که حالا خودکشی کرده است حضور نادیدنی اما محسوس دارد. زویی برادر کوچک فرنی تلاش می کند فرنی را راهنمایی کند و او را از این حال بیرون بیاورد. زویی خود این مرحله فرنی را پیش از این تجربه کرده است و حال خواهرش را می داند. تلاش فرنی برای رسیدن به سلوک درونی بهانه ای می شود تا زویی هم به شناختی مجدد از مذهب برسد و فرنی را از مذهب بدون تفکر برهاند. فرنی در می یابد دین و عشق به مسیح و خدا فقط ذکر گفتن مدام نیست و هر چیزی که برای خدا انجام شود جزو سلوک محسوب می شود. از این رو بازیگری که شغل مورد علاقه فرنی است جنبه ای عرفانی و مقدس به خود می گیرد چرا که برای رضای خدا و آگاهی بخشی جامعه انجام می شود. فرنی و زویی پیام آور محبت و شناخت نهفته در ذات مذهب است و تلاش دارد بفهماند دین بدون اندیشیدن توخالی است و انسان را تنها دچار سردرگمی می کند.