داستان از طریق یک ماهی پیر گفته می شود که با 12000 کودک و نوه هایش صحبت می کند. او سفر یک ماهی سیاه کوچولو را توصیف می کند که امنیت برکه ی محلی خود را رها می کند تا بتواند به ماجراجویی در جهان بپردازد.
ماهی سیاه کوچولو فکر می کند که دنیا چیزی بیشتر از آن برکه ای است که در آن زندگی می کنند پس تصمیم می گیرد تا انتهای آن را برود. مسیر ماهی سیاه کوچولو از یک آبشار می گذرد و در امتداد طول رودخانه به دریا منتهی می شود. در طول راه ، ماهی با چندین شخصیت جالب از جمله یک مارمولک که به او کمک می کند و نیز یک پلیکان ترسناک را ملاقات می کند. ماهی سیاه کوچولو به کمک خرد و شجاعتش ، به دورها سفر می کند و...
کتاب ماهی سیاه کوچولو برای کودکان نوشته شده است اما برای بزرگسالان نیز جذاب خواهد بود و تا مدت ها به عنوان بیانیه غیر رسمی سازمان چریک های فدایی خلق ایران شناخته می شد.